１時間はまったのでメモ。taxonomy.phpで内容が表示できない。。。
結論、プラグインの設定を見直し。
カスタム投稿のプラグインは Custom Post Type Generator を使っています。
設定の中の「exclude_from_search」を「True」から「False」にすることで表示できるようになりました。
「exclude_from_search」は記事を検索結果に含めるか、というオプションなのですが、
「True」だと「含めない」になってしまうので、記事表示されない、ということみたいです。
※2016/1/9追記
この記事を投稿する２ヶ月前に、同じ内容の記事を書いていました。
本当にアホやなあ。自分…。
http://wpmemo.postscript.jp/2015/10/22/%E3%80%90wordpress%E3%80%91taxonomy-php%E3%81%AB%E8%A8%98%E4%BA%8B%E3%81%8C%E8%A1%A8%E7%A4%BA%E3%81%95%E3%82%8C%E3%81%AA%E3%81%84%E6%99%82/
taxonomy.phpに記事が表示されない時